A Gyógyszerészi Kémiai Intézet 2002. január 1-én alakult a PTE Általános Orvostudományi Kar Kari Tanács 2001. november 21-i, valamint a PTE Szenátus 2001. december 13-i határozatai alapján. Az Intézet létrehozásának körülményei egyértelműen meghatározták fő feladatkörét. Mint a gyógyszerészképzés egyik alapvető fontosságú szakintézete, feladata a gyógyszerészi kémia oktatása a graduális és a posztgraduális gyógyszerészképzés keretében.

Az Intézet végleges helyének kialakítása csak 2003. októberétől kezdődhetett meg. Az Intézet, adminisztratív ügyeinek intézésére és az oktatással kapcsolatos egyéb feladatainak ellátására - 2002. augusztusától – 2003. októberéig - az Egyetemi Gyógyszertár két helyiségében kapott ideiglenes elhelyezést. A gyógyszerészi kémia tantárgy gyakorlati oktatása 2002. szeptemberétől a Vegyipari Szakközépiskola egyik oktató laboratóriumában indult meg.

A Vegyipari Szakközépiskola 2003. augusztus végén költözött ki a Rókus utcai épületből. Az Intézet munkatársai 2003. november elején foglalták el, az Intézet végleges helyeként, a Rókus utcai épület földszinti helyiségeit. A 2003. november óta eltelt időben kialakításra kerültek az Intézet kutatólaboratóriumai és megkezdődtek az intézet kutatási profiljait reprezentáló kutatások is.