A Gyógyszerésztudományi Kar az MSZ EN ISO 9001:2015 „Minőségirányítási rendszerek és követelmények” című szabvány 6. fejezete, valamint a felsőoktatás minőségbiztosításának európai sztenderdjei közül az ESG 1.1 standard minőségügyi tervezésre és a minőségcélok megfogalmazására vonatkozó rendelkezése alapján a Kar Vezetése a minőségirányítási rendszer kialakítása és működtetése mellett döntött.
A minőségirányítási rendszer kialakítása, bevezetése és működtetése a Kar akkreditációjának fontos kritériuma. A főbb minőségcélok közé tartozik egy önálló kari pályázati és támogatási rendszer kidolgozása és közzététele dékáni utasítás formájában, valamint egy önálló kari elismerési és kitüntetési rendszer kidolgozása és implementálása.
További kulcsfontosságú cél a GYTK Teljesítmény Értékelési Rendszer (TÉR) informatikai hátterének fejlesztése, a TÉR hatékonyabb adatrögzítése és feldolgozása érdekében. Ezenkívül a kar hallgatói elégedettség mérésének (OMHV) további fejlesztése érdekében megalakult a Kari OMHV Bizottság, valamint célul tűzte ki a GYTK, hogy összegyetemi szinten harmonizálják a mérési és információkezelési módokat a kari specialitások és egyéni megoldások tiszteletben tartása mellett. A minőségcélok első körben való teljesülését A Kar tervezetten 2020. december 31-ig kívánja elérni.